Comme tous les jeux Bethesda, Fallout 3 comporte quelques bugs. Bethesda semble être un peu plus réactif qu'avec Oblivion en sortant une nouvelle mise à jour qui corrige un paquet de bugs.

L'extension Operation Anchorage sortira quant à elle le 27 janvier sur PC et 360 et devrait proposer 4-5 heures de jeu pour 10 euros.

Notes de la mise à jour 1.1 (sauf indication contraire, pour toutes plates-formes)

Ajouts
- Prise en charge des trophées (Playstation 3).

Corrections de bogues
- La notification d'amis ne met plus le jeu en pause (Playstation 3).
- Correction de plantages occasionnels lors des phases de chargement et d'attente.
- Correction du clignotement répété des barres de santé des PNJ amis ou neutres en cas de dégâts.
- Correction de la disparition occasionnelle de certains PNJ du jeu.
- Correction de la réapparition occasionnelle de certains PNJ morts.
- Correction du rendu des traçantes du laser Gatling.
- Correction du défaut d'apparition correcte du menu de coiffure.
- Ajout de la possibilité de réaffectation des touches de SVAV et de Pip-Boy.
- Correction de rares problèmes de chargement/sauvegarde entraînant un comportement incorrect des PNJ.
- Correction du défaut de mise à jour correcte des objectifs de quête en raison d'activateurs parlants, d'interphones et de conversations.
- Correction des plantages dus à l'emploi répété de RadAway à partir du menu d'état du Pip-Boy.
- Correction du blocage du joueur dans le menu de passage au niveau supérieur si ses compétences ont atteint la valeur maximale.
- Correction du défaut de chargement occasionnel de plusieurs partenaires dans un lieu fermé.
- Correction de rares blocages en mode SVAV.
- Correction d'un rare plantage avec combat contre des PNJ utilisant des données corrompues.
- Les radios disponibles dans le jeu fonctionneront désormais correctement si le joueur écoutait déjà la radio du Pip-Boy (Playstation 3).
- Lors de l'emploi d'une manette Xbox 360, le menu de crochetage utilise désormais la vibration (PC).
- Correction de rares plantages lors du chargement et de la sauvegarde de parties.
- Correction d'un rare cas de traversée de plancher par le joueur en mode SVAV.
- Correction du défaut de détection du mode SLI sur les machines équipées de cartes graphiques nVIDIA (PC).
- Correction d'un plantage occasionnel faisant suite à un coup critique dans la tête à l'aide du fusil ferroviaire.
- Correction des morts inopinées de PNJ à la suite d'une chute.
- Correction d'une cessation occasionnelle de fonctionnement correct de la manette.
- Correction des plantages liés à l'équipement et à l'abandon répétés de vêtements et d'armures dans l'univers de jeu.

Corrections apportées aux quêtes
- Correction de plusieurs cas de conservation permanente d'un objet de quête dans l'inventaire alors que la quête en question a été menée à bien.
- Correction d'un défaut occasionnel de diffusion du message de détresse dans "Troubles internes".
- Dans la quête "Les Eaux de Vie", la porte de la Citadelle s'ouvre désormais correctement si le joueur effectue un déplacement rapide après avoir quitté les tunnels de Taft mais avant d'avoir rejoint la Citadelle avec le Dr Li.
- Dans la quête "Doux foyer", les Protectrons cassés de Big Town s'activent au bon moment.
- Dans la quête "Le rêve américain", le joueur peut désormais accéder à ses affaires situées dans le casier proche de la porte même s'il a déjà quitté la pièce.
- Correction de la faille offrant une infinité de capsules dans la quête "Strictement professionnel".
- Correction d'un rare cas d'absence de dialogues corrects de Papa dans la quête "Les Eaux de Vie".
- Dans la quête "Trouver le jardin d'Eden", correction du fondu au noir à la place du chargement de Raven Rock en cas de combat en compagnie d'un partenaire.
- Correction de plusieurs failles entraînant l'attribution de points d'expérience en cas de discussion avec certains PNJ.
- Correction de la faille entraînant l'attribution de points d'expérience lors de la rencontre avec un robot à Fort Bannister.
- Correction du risque de blocage permanent des commandes du joueur dans la quête "Le rêve américain.